Фильм предоставляет «земной» взгляд на историю одной из самых загадочных личностей в мировой истории - христианской подвижницы и канонизированной святой Марии из израильского города Магдала. Однажды исцелённая Христом от одержимости бесами, она стала Его верной, но загадочной и противоречивой последовательницей. Бросив вызов предрассудкам своего времени, Мария оставляет близких и присоединяется к группе единомышленников, лидером которых и являлся Иисус из Назарета. Здесь она найдёт своё место, окажется на судьбоносной дороге в Иерусалим, станет свидетельницей совершённых чудес и будет стоять рядом с крестом во время распятия…
Преданная последовательница Иисуса Христа, ставшая свидетельницей его распятия и воскресения, Мария Магдалина не раз появлялась на экранах. Барбара Херши играла её в ленте Мартина Скорсезе «Последнее искушение Христа». Моника Беллуччи играла Марию у Мэла Гибсона в драме «Страсти Христовы», но актрисе пришлось молчать большую часть роли. Жюльет Бинош сыграла актрису, снявшуюся в роли Марии Магдалины, в картине Абеля Феррары «Мария», а в телефильме «Расследование» в образе Магдалины снялась Орнелла Мути. Отмечалось, что в новой картине зрителям будет представлен «подлинный и гуманистический образ одного из самых загадочных духовных лидеров в истории человечества».
Постановщиком «Марии Магдалины» стал австралийский режиссёр Гарт Дэвис. Перед дебютом в большом кино он успешно работал над рекламными роликами и телевизионными проектами, например, в 2008 году выиграл награду на престижном фестивале рекламы «Каннские львы». Первой заметной работой Дэвиса в кино был мини-сериал «Вершина озера», за который он вместе с Джейн Кэмпион был номинирован на премию «Эмми». Дебютным полнометражным фильмом Дэвиса стал «Лев» (2016). Картина была положительно принята кинокритиками и получила шесть номинаций на премию «Оскар».
Продюсированием «Марии Магдалины» занамались Иэн Каннинг и Эмиль Шерман, известные своей работой над фильмами «Король говорит!» и «Лев».
Заглавную роль исполнила Руни Мара («Девушка с татуировкой дракона», «Побочный эффект», «Кэрол», «Скрижали судьбы»). Хоакин Феникс сыграл Иисуса Христа, а образ апостола Петра воплотил Чиветель Эджиофор («12 лет рабства», «Доктор Стрэндж»). Руни Мара уже работала с Гартом Дэвисом в фильме «Лев», а с Фениксом - в фильме «Она» (2013), где Руни и Хоакин играли супружескую пару. Кстати, во время работы над фильмом «Мария Магдалина» у Руни Мары и Хоакина Феникса завязались романтические отношения.
Основные съёмки фильма проходили с октября по декабрь 2016 года в Италии.